第一部分：病例描述
患儿男，9 天，因「发现皮肤巩膜黄染 2 天，张口困难、肌张力高 4 小时」入院。
2 天前无明显诱因发现患儿皮肤巩膜黄染，未予特殊处理，今测 TCB：19.8 mg/dl，4 小时前患儿无明显诱因出现张口困难，吞咽困难，四肢肌张力高，哭吵不安，难以安抚，拒奶，刺激后肌肉强直性痉挛发作，数秒至数分钟不等，无脑性尖叫、昏迷、发热、咳嗽、腹泻等表现，起病来患儿精神反应欠佳，大便稍稀，次数不多，小便可。
G1P1，胎龄 38+4 周，出生在医院，出生体重 3.10 kg，Apgar 1-10，5-10，羊水、胎盘无特殊，分娩后不到 24 小时，家属强烈要求签字出院，出院后在家未备酒精和络合碘，未按要求给患儿进行脐部消毒、脐部护理等处理，未查看过脐带，未洗澡清洁，无外伤史。生后第 7-天左右脐带脱落，当时脐带有渗液，予以丢弃护脐。母乳+牛奶，每次 20-3 ml，1-4 小时一餐
展开剩余83%T 36.9℃，HR 154bpm，RR 45bpm，WT 3.00 kg，BP60/40（47）mmHg。反应欠佳，弹足底 3 下有哭样表情，皮肤、巩膜中重度黄染，唇红润，牙关紧闭，苦笑面容，唇腭裂不详。颈强直，有抵抗，无斜颈，脐湿，脐轮正常，脐周无红肿，脐分泌物脓性呈淡黄色，腹壁肤色黄染，腹肌软，肝脾肋下未扪及，移动性浊音阴性，肠鸣音 4 次/分。四肢肌张力高，拥抱反射未引出，握持反射未引出，吸吮反射未引出，觅食反射未引出。
第二部分：常规检测结果、常规病原学检测结果等
1. 炎症指标
WBC 15.67×109/L，N 0.402，L 0.330，HGB 162 g/L，血小板 350×109/L，CRP 0.27 mg/L，PCT 0.22ng/ml，IL-6 1.38pg/ml。
2. 肝功能
TB 369.3ummol/L，DB 36.9ummol/L，ALT14IU/L，AST 41IU/L，BUN 3.02 mmol/L，CREA 41.00ummol/L，LDH 370.0U/L，CK 524.0 U/L ，CK-MB 27.9 U/L。
3. 阴性检查脑脊液常规、生化正常、输血前四项，大小便常规正常。
4. 病原学依据
血培养（普通+高渗）、脑脊液培养、优生四项定量、呼吸道病毒核酸检测均为阴性，痰培养（3 次）：肺炎克雷伯菌肺炎亚种。
第三部分：mNGS 检测
肚脐眼分泌物拭子 Q-mNGS 检测结果：
8.22（入院 3 天）：
第四部分：鉴别诊断
1. 新生儿脐部感染破伤风
2. 新生儿重度高胆红素血症
3. 新生儿肺炎（肺炎克雷伯菌肺炎亚种）
4. 胆红素脑病？
第五部分：治疗经过及预后
控制痉挛：地西泮（0.6 mg）静脉注射，口服地西泮从 5 mg/次（q6 h）-12.5 mg/次（q4 h）-5 mg/次（q8 h）
破伤风抗毒素：肌注人破伤风免疫球蛋白 500IU
抗生素治疗：青霉素+甲硝唑经验性治疗 10 天，头孢噻肟 10 天。
呼吸辅助：鼻导管给氧 20 天。
出院情况：住院 50 天，出院时患儿精神反应可，吸吮 95 ml/次，吸吮后偶有喉喘鸣，无气促及无发绀，无发热，无抽搐，大小便正常。查体：体温 37℃，心率 140 次/分，呼吸 42 次/分志清楚，弹足底 3 下有哭声，哭声响亮，皮肤巩膜无黄染，前囟平软，口唇红润，双瞳孔等大等圆，对光反射灵敏，鼻翼无煽动，未见三凹征，双肺呼吸音粗，无啰音，心律齐，无杂音，腹平软，肝脾肋下无肿大，无胃肠型及蠕动波，肠鸣音正常，四肢活动自如，原始反射可引出，肢端温暖，毛细血管充盈时间 2 秒。
随访数据：日龄 2 月，体重 4.8 kg，身长 58 cm，头围 35 cm，一般情况可，母乳喂养，8-10 次/日，会逗笑，感染指标正常。
案例总结：
病例为晚期新生儿，生后第 9 天脐部感染起病，病情进展迅速，感染指标不高，以牙关紧闭、吞咽困难、刺激后肌肉强直性痉挛发作、「苦笑面容」、角弓反张为主要临床表现，需要大剂量地西泮控制痉挛，破伤风免疫球蛋白中和尚未与神经节苷脂结合的毒素，合理使用青霉素和甲硝唑抗菌，治疗 50 天痊愈出院，目前日龄 2 月，生长发育随访正常。
新生儿破伤风是破伤风杆菌由脐部侵入引起的一种急性严重感染性疾病，常在 7 天左右发病；临床以全身骨骼肌强直性痉挛、牙关紧闭为特征，故有「脐风」「七日风」「锁口风」「扁担风」之称。随着新法接生，目前国内外文献罕见新生儿报道。
新生儿破伤风预后差与低出生体重、发病日龄小、发热、全身僵硬和苦笑面容等因素有关。1974-2011 年报道 4535 例新生儿破伤风 Meta 分析，低出生体重和发病日龄是最重要的预后因素（低出生体重：OR = 2.09,95% CI1.29-3.37）；低出生体重和发病日龄<6 天两因素共同存在时预后最差（OR = 6.8,95% CI2.42-19.11）。本案例符合临床表现，但无低出生体重和发病日龄>6 天，治疗主要以地西泮控制痉挛，早期破伤风免疫球蛋白中和尚未与神经节苷脂结合的毒素，合理使用青霉素和甲硝唑抗菌等对症支持治疗，但对疗程规范目前暂无循证医学证据，文献报道 1 至 3 月不等。本案例借助宏基因测序的结果，明确诊断协助治疗，目前随访正常。新生儿由于其生理特殊性，对感染的防御能力差，易造成全身感染，且病情进展迅速。针对难以培养的病原体和不明病因无法预判的感染性疾病患儿，利用宏基因组直接检测出病原微生物进行诊治，提高新生儿感染性疾病的治愈率，从而挽救生命并降低成本。
病例浅析：
传统 mNGS 报告中通常以检测到的序列数（reads）为病原体载量的体现方式，但 mNGS「一网打尽」的特性，决定了在检测到微生物序列的同时，也会检测到大量存在于标本中的人源核酸序列，因此检测到的微生物序列数会受样本中人源核酸含量影响。在同等病原体含量情况下，标本中人源核酸含量越高，mNGS 检测到的人基因组序列数就越多，检测到的微生物序列数就越少。因此，mNGS 报告中的病原体序列数并不能代表病原体含量。
Q-mNGS 对标本中检出的人源核酸序列和病原体核酸序列通过分子标尺转化为人源指数（Host index）和病原指数（Q index），用来反映标本中人源和病原体核酸的真实含量。因此通过对比患者在抗感染治疗前后的 Q index，可获知患者标本中病原体含量的真实变化情况，协助临床评估抗感染疗效。
本案例患者前 mNGS 的肚脐眼分泌物拭子 Q-mNGS 检测检测结果中，检测到破伤风梭菌有助于诊断及治疗。
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